El Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste (CIBNOR) fue creado en 1975 mediante decreto del Gobierno del Estado de Baja California Sur y el entonces CONACYT. En su primera denominación fue conocido como Centro de Investigaciones Biológicas de La Paz, para adoptar el nombre actual a partir de 1994. Su objetivo inicial fue promover el desarrollo científico y tecnológico en la región.

Al frente de esta primera etapa estuvo como director general el Dr. Félix Córdoba Alva, de 1975 a 1984. En ese periodo, el entonces joven Centro tuvo que remontar dificultades como el aislamiento geográfico de la entidad y, sobre todo, la carencia de condiciones para atraer personal de investigación consolidado. En tal virtud, se adopta la estrategia de conformarse con la juventud recién egresada de sus respectivas licenciaturas, y contrata un buen número de becarios y becarias para laborar como personal técnico. El propósito ulterior era brindarle apoyo institucional a esta juventud para que continuara su preparación académica con estudios de posgrado en el país y en el extranjero. En pocos años, la maniobra dio sus frutos al empezar a tener un personal con experiencia, con posgrados y solidez académica.

Durante este periodo de crecimiento se da uno de los grandes logros con la adquisición del predio llamado "El Comitán", a 20 kilómetros al norte de la ciudad de La Paz, con 217 hectáreas de superficie de terreno natural, propicias para iniciar la construcción de la sede actual del CIBNOR.

En 1984 fue nombrado su sucesor, el Dr. Daniel Lluch Belda, quien logró consolidar a la institución con diversas acciones, no obstante la situación de marcada austeridad económica que prevalecía en el país.

El CIBNOR creció de una manera importante, tanto en infraestructura física como en la formación de recursos humanos. Por aquel entonces se empezó a reincorporar al CIBNOR personal que había realizado estudios de posgrado en México y en el extranjero. Asimismo, distinto personal de investigación visualizaro al Centro como un área de oportunidad para su desarrollo profesional.

En los 13 años de la administración del Dr. Lluch, el personal del CIBNOR creció de 20 a 296, el personal de investigación con posgrado de 9 a más de 40, y se fundaron las unidades foráneas de Guaymas y Hermosillo en el estado de Sonora. En 1994 se inició también el Programa de Posgrado, con estudios a nivel doctoral.

En 1997, el Dr. Mario Martínez García fue nombrado director general del CIBNOR, perdurando en el cargo hasta 2007. Estos años caracterizaron la consolidación de la institución, con una plantilla conformada por personal de investigación de alto nivel, con dedicación y consciencia de la importancia de su labor; además de grupos de apoyo a la investigación altamente calificados; se fortaleció la vinculación con el sector productivo del país y se incrementaron de manera notable las relaciones interinstitucionales con centros de investigación y universidades tanto en la esfera nacional como internacional. A partir de entonces, se han adherido diversas instituciones académicas de reconocido prestigio como la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), la Universidad Autónoma de Baja California Sur (UABCS) y el Instituto Politécnico Nacional (IPN). Cabe mencionar que actualmente el Centro forma parte del Sistema de Centros de Investigación CONAHCYT.

En marzo del 2007, el Dr. Sergio Hernández Vázquez inicia una nueva administración en el Centro, dirigiendo durante el periodo del 1º de marzo del 2007 al 28 de febrero del 2012 y reelecto para un segundo periodo el cual concluye anticipadamente cuando en 2014, el Dr. Sergio Hernández fue invitado a colaborar como Director Adjunto de Centros del entonces CONACYT.

Esa gestión se caracterizó por realizar una reestructuración interna de la institución, que le permitió renovar su estructura y su visión. Las modificaciones en las formas de trabajo, respondieron a la realidad cambiante de la época y a la dinámica científica, social y económica del país.

En julio de 2014, el Dr. Daniel Lluch Cota asume la dirección general del Centro, dirigiendo durante el periodo del 11 de julio del 2014 al 11 de julio del 2019. La nueva visión del Cibnor contempló ser el centro público de investigación de mayor contribución al progreso económico y social sostenible del país, especialmente del noroeste, mediante la generación de conocimiento científico, la formación de recursos humanos de alto nivel, el desarrollo tecnológico, la innovación en el campo de las ciencias biológicas y en el uso, manejo y preservación de los recursos naturales.

Además de su labor fundamental como centro generador de conocimiento y de ciencia básica, esta administración se propuso incidir de manera importante en la transferencia del conocimiento hacia los sectores productivos del país, desarrollar y perfeccionar los mecanismos para que el conocimiento generado pueda ser aplicado directamente en las empresas que requieren las soluciones y aplicaciones tecnológicas que el Centro va generando.

Un nuevo periodo de gestión se inició el 30 de agosto de 2019, cuando el Dr. Alfredo Ortega Rubio asume la dirección general del Centro.

Hoy día, el Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste es una institución de investigación científica y académica con reconocimiento nacional e internacional, ubicada entre las mejores del país.