El enfoque de la línea de moluscos se centra entre otras cosas, en la generación de conocimiento y de nuevas tecnologías para la producción consistente de semilla de moluscos, así como para los sistemas de engorda más eficientes a través de la conformación de pies de cría, la selección y el monitoreo ambiental de sitios de cultivo, la evaluación de las artes de engorda más propicias en determinados ambientes y el diagnóstico sanitario y de inocuidad alimentaria. Por otra parte, en cuanto a la generación de conocimiento, se trabaja constantemente en proyectos que se enfocan en estudios de metabolismo, inmunología, toxicología genética, epi-genética y fisiología, compuestos bioactivos altamente diluidos, entre otros, así como en la exploración del potencial de cultivo de otras especies de moluscos. Como parte del apoyo al sector social y productivo, la Línea de Moluscos trabaja de manera continua a través de convenios de colaboración orientados al fortalecimiento de la producción de moluscos nativos de la región y la validación de tecnologías para cultivo de bivalvo en zonas productoras en México.